XVIe siècle. Un conquistador espagnol, capturé par les Incas et transféré dans la forteresse de Machu Picchu découvre la tombe et le trésor du mythique souverain Atahualpa. Il réussit à s’enfuir, et a le temps de transmettre à des missionnaires, avant de mourir, un parchemin racontant sa découverte. Plus de quatre siècles plus tard, une jeune et jolie archéologue, le docteur Zoé Bernstein, s’apprête à excaver une mystérieuse sépulture, sur le site même de Machu Picchu. Elle est secondée pour la circonstance par celui qui fut autrefois son maître d’études : Rafaello – ni plus ni moins que le fondateur et principal animateur de l’Agence. Mais, contrairement à ce qu’ils pensent, ils ne sont pas seuls à Machu Picchu…